Το τμήμα του Πτηνοτροφείου της Αμερικανικής Γεωργικής Σχολής παράγει και εμπορεύεται Ωμέγα-3 αυγά, γαλοπούλες, κοτόπουλα κρεατοπαραγωγής, πουλάδες και νεοσσούς ημερών. Όπως σε όλα τα τμήματα του Επιδεικτικού και Εκπαιδευτικού Αγροκτήματος, οι μαθητές και οι σπουδαστές συμμετέχουν σε κάθε μέρος των διαδικασιών του Πτηνοτροφείου - από το τάισμα, τη στέγαση, την ιατρική φροντίδα και την παραγωγή έως τη συσκευασία και τις πωλήσεις. Το τμήμα του Πτηνοτροφείου συνεργάζεται με το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο της Θεσσαλονίκης, τα AΤΕΙ Θεσσαλονίκης και άλλους διεθνείς ακαδημαϊκούς και βιομηχανικούς εταίρους. Η συνεχόμενη ανάπτυξη των αυγών Ωμέγα-3 αποτελεί κύριο στόχο έρευνας.